일단 포켓몬 애니메이션 시리즈는 1기 뮤츠의 역습 편을 제외하고 2기부터는 tv판이랑 극장판이랑 평행세계라는 설정이라 스토리에 연관이 없습니다.

하지만 굳이 뭐가 먼저냐고 따지면 극장판이 먼저죠.

애초에 루기아 자체가 극장판 만을 위해서 구상된 애니 오리지널 포켓몬이었는데, 인기가 너무 많아지자 원작인 게임에 뒤늦게 흡수되어 게임이랑 tv판에서도 등장하게 된 거 거든요.